El INTE se concibe como un referente académico regional, nacional e internacional de la UNAP en investigación y publicaciones en Ciencias Sociales, específicamente en el campo de los estudios transfronterizos, las relaciones internacionales, la paradiplomacia y las migraciones. También se define como un instituto interdisciplinario al servicio del desarrollo regional y la internacionalización de las regiones. Asimismo, promueve la coordinación entre distintas instancias académicas y de investigación respecto de las relaciones entre Chile con países vecinos (América Latina) en las áreas social, cultural, económica y política.

La principal línea de acción es la investigación, a través de proyectos vinculados a recursos concursados en CONICYT, vale decir FONDECYT, FONDECYT de Inicio, ANILLOS, ECOS-CONICYT, y publicación en revistas Indexadas (ISI, Scopus, Scielo, Latindex Catálogo, Redalyc), libros o capítulos de libros, así como también participación en congresos a nivel nacional e internacional.